当企业在现金清查中发现现金短缺且无法查明原因时，应计入的会计科目是管理费用。这是因为现金管理是企业财务管理的一部分，管理不善导致的损失应由企业自行承担，因此计入管理费用。
具体的会计分录如下：
```借：待处理财产损溢贷：库存现金得到批准后：借：其他应收款（应由责任方赔偿的部分）管理费用（无法查明原因的，补缺时）贷：待处理财产损溢```
请根据具体情况选择适当的会计处理方法，确保财务信息的准确性和合规性
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